即如所有的新生事物一样，我们在公文式教学方法的实践中 也遇到了一些问题，引起了我们的思考。
1、公文式教学方法具有它鲜明的特点，大部分学生开始接触到这种与传统教学并不一致的学习方法也会感到格外的新鲜，往往对这种学习方法抱过高的期望，以为学了公文式就能一下子把成绩上去。但经过一段时间的实践，觉得“仍然是做低年级的 练习”，就容易走向另一极端，以为对当前的学习作用不大，有 些还会产生怀疑或者厌学的情绪。这种欲速不达的心态，主要出于对公文式教学中“恰到好处的学习”的基本方针缺乏理解，因此开展公文式教学实验必须经常地对学生和家长宣传介绍这种学习方法的特点和精神，使学生能更快地适应这一新的学习方法。
2、在我国已经实施九年义务教育，九年义务教育有相应的大纲和教材，而公文式教学法按其分水平、技层次编写的教材能 否按我国相应的大纲和要求进行改编呢?这项工作似乎是我国教育工作者或者是公文教育研究会应进一步考虑的问题了。但是，我们现在着意考虑的却是能否在我们现行的教学中把公文式教学 作为一种补充;把公文式教材为一种辅助教材;把公文式学习在 我们目前的课程中加以安排并获得适当的时间保证呢?看来这是 在我们学校里开展公文式教学必须考虑和解决的问题。在实践 中，我们正朝这个方向做：在传统的教学和公文式教学中，我们取长补短;充分发挥公文式教材的因材施教的特点并把公文式学习作为第二课堂的活动，安排每周两节在“活动类课程”中开展。学生参加了公文式学习就不再参加其他的课外活动，使他们有适当的时间参加公文式学习。
3、要加大辅导教师培训的力度。与传统的教学方法比较，公文式教学法是一种全新的教学方法，其成败的关键往往决定于辅导教师。辅导教师对这种教法的精神实质的理解，对其整个学习系统、学习流程的理解以及对不断遇到的实际问题都应该胸有成竹、心中有数。因此，对辅导教师的培训不是三、两天能够解决的，而是应该在整个教学过程中定期地开展这一工作，或者进一步开展一些校际的交流活动，与此同时还应该有一套教师辅导用的参考资料。
